藥學院創(chuàng)建于1998年，學院現有基礎與臨床藥理學、藥劑學、藥物化學、天然藥物化學、藥物分析、中藥學、中藥炮制、藥用有機化學8個教研室和藥物代謝中心、分子藥理、藥物研究所等研究室、所，有教職工67名，其中專任教師50人，教授15名，副教授23名；博士生導師11名，碩士生導師45名，90%教師具有博士學位。有首批“全國高校黃大年式教師團隊”1項，國家級教學團隊1項，教育部骨干教師1名，皖江學者3名，安徽省高校領軍人才1名，安徽省教學名師3名，安徽省學術和技術帶頭人5名，安徽省學術技術帶頭人后備人選5名。

　　學院擁有重大自身免疫病安徽省實驗室、抗炎免疫藥物教育部重點實驗室、藥學、中藥學安徽省省級重點學科。中藥藥理學為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥重點學科建設點，《臨床藥理學》課程被評為國家級精品課程、國家級精品資源共享課、中國醫(yī)學教育慕課聯(lián)盟首批規(guī)劃課，藥學專業(yè)被教育部、財政部批準為第三批高等學校特色專業(yè)建設點，醫(yī)藥復合型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)被評安徽省人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)。近三年，學院“藥理學與毒理學”ESI全球排名一直位于前1%，“藥理學與毒理學”獲得安徽省省屬公辦普通本科高校世界一流學科，“藥學”獲安徽省國內一流學科獎補資金項目（A類）資助和安徽省高峰學科建設立項。學院承擔含國家自然科學基金資助項目、中醫(yī)藥行業(yè)科研專項等國家級項目30多項，省部級項目24項，總科研經費達1400余萬元，申請或授權國家專利20余項。發(fā)表SCI論文332篇，其中ESI高被引論文（HCP）7篇。

　　學院現有藥學、中藥學、臨床藥學3個本科專業(yè)，藥學、中藥學2個一級學科碩士（學術型及專業(yè)型）授權點，藥學一級學科博士授權點和藥學博士后科研流動站，形成了本科、碩士、博士、博士后教育為一體的多層次辦學格局。

　　學院踐行知識探究、能力建設和人格養(yǎng)成“三位一體”的人才培養(yǎng)理念，始終以“立德樹人”為根本，以提高培養(yǎng)質量位核心，注重基礎，強調實踐能力訓練，注重學生社會責任、組織能力、團隊精神、創(chuàng)新意識、道德修養(yǎng)等綜合素質的培養(yǎng)，通過廣泛深入、豐富多彩的課內外科技學術活動、文體活動、志愿活動、社會實踐等形式，培養(yǎng)學生創(chuàng)新能力、創(chuàng)新精神和科學作風，促進學生德智體美勞全面發(fā)展。近年來，學生培養(yǎng)質量穩(wěn)步提高，研究生年就業(yè)率達到100%，本科生年平均就業(yè)率在95%以上，在全國各類大學生賽事上屢獲佳績，先后獲得國家級暑期“三下鄉(xiāng)”社會實踐優(yōu)秀團隊、“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽全國二、三等獎，全國醫(yī)藥院校藥學/中藥學專業(yè)大學生實驗技能競賽連續(xù)五屆獲得最高獎項——特等獎，全國大學生藥苑論壇連續(xù)三年獲一等獎，獲得安徽省大學生職業(yè)生涯規(guī)劃金、銀獎。

　　2015年起，學院與美國東北俄亥俄醫(yī)科大學合作，每年從本科生中選派部分學生赴美參加為期1年的交流學習，目前已選送5名29名學生參加。為學院師生拓寬國際視野、提升國際聲譽，積極推動學院教學改革和發(fā)展創(chuàng)造良好機遇。